Апельсины были известны китайцам ещё до нашей эры: именно они первыми вывели гибриды мандарина и помело и стали выращивать эти фрукты. Позже апельсины стали известны в Средней Азии и Европе.
В ряде языков (в том числе и в русском) слово апельсин германского происхождения. Из нидерл. appelsien (наряду с sinaasappel) и нем. Apfelsine слово появилось в ряде других языков: швед. apelsin, норв. appelsin, дат. appelsin, исл. appelsína, лат. apelsīns, лит. apelsinas, укр. апельсин, белор. апэльсін, фин. appelsiini. В нижненемецкой диалектной области встречались также названия Apel de Sina и Appelsina «яблоко из Китая», в остальной части Германии – Apfel von Sina, Chinaapfel и Sineser Apfel. Эти названия отражают происхождение дерева и его плодов.
В германских языках слово апельсин – это калька с французского pomme de Cine «яблоко из Китая». Во французском название появилось из португальского. Именно португальцы в XVI веке стали партиями завозить апельсины в Европу из Китая, что отражено в ряде иноязычных названий этого плода: болг. портокал, рум. portocală, тур. portakal, азерб. portağal, узб. poʻrtahol, греч. πορτοκάλι, алб. portokall, перс. پرتقال(portoqâl), груз. ფორთოხალი (p’ort’oxali).
Вместе с тем существуют и иные названия: англ., фр. orange, итал. arancia, исп. naranja, порт. laranja, нем. Orange (изначально в Южной Германии), сербохорв. на̀ра̄нџа, венг. narancs, арм. նարինջ (narinǰ). Эти названия восходят к араб. نارنج(nāranj), от перс. نارنگ(nārang), далее от санскр. नारङ्ग (nāraṅga) «апельсиновое дерево». Этимологи считают, что слово было заимствовано из дравидийских языков (ср. тамильск. நரந்தம் (narantam) «аромат, благоухание» и காய் (kāy) «фрукт, плод»). От фр. orange образованы также русские слова оранжевый и оранжерея.
В некоторых славянских языках апельсин отождествляется с другим цитрусовым – померанцем, название которого восходит к тому же арабскому слову نارنج(nāranj): польск. pomarańcza, чешск. pomeranč, словацк. pomaranč, словенск. pomaranča, сербохорв. помо̀ра̄нџа.
Есть в некоторых языках и более странные названия. Например, в языке африкаанс апельсин называется lemoen, то есть «лимон». В индейском языке навахо слово chʼil łitsxooí раскладывается на chʼil «растение», łitsxo «является жёлтым, оранжевым» и показатель имени -í, то есть для навахо апельсин – это просто «оранжевое растение».