В течение столетий слова языка отбрасывают старые и приобретают новые значения. Лингвисты называют это явление семантическим изменением. Например, слово фамилия, понимаемое как «часть личного имени», некогда означало «род, семейство» (ср. англ. family, нем. Familie, фр. famille). Два значения могут какое-то время сосуществовать, но со временем одно из них становится преобладающим, а второе устаревает и в итоге уходит насовсем. Для слова фамилия устаревающим является второе значение. В то же время лат. familia, от которого происходят англ. family, нем. Familie, рус. фамилия и т. д., имело значение «челядь», от famulus «слуга». Выходит, что значения слов-потомков в европейских языках также было изменено, поэтому не является первичным.
В этимологии семантическое обоснование происхождения того или иного слова является порой единственным препятствием на пути к разгадке истории какого-либо слова. Значения слов за столетия могут изменяться настолько, что конечный смысл далёк от первоначального. В случае со словом фамилия мы легко определяем следующую семантическую цепочку: слуга – челядь, прислуга по дому – домочадцы – семья, род – часть личного имени, признак принадлежности к определённой семье. Этимология этого слова известна довольно хорошо, у нас есть достаточно материала для анализа семантики, поэтому такие построения делать довольно просто. Однако как быть с теми словами, которые утратили смысловую связь с источником тысячи лет назад?
Рассмотрим русское слово муха. Мы можем найти для него большое количество соответствий в других славянских языках: укр. муха, болг. муха, сербохорв. му̀ха, чешск. moucha, польск. mucha и т. д. Все эти слова восходят через праслав. *muxa к пра.-и.е. *mū-, *mus- «муха», от которого происходят также др.-греч. μυῖα «муха», лат. musca (фр. mouche, итал., исп., порт. mosca; ср. уменьш. исп. mosquito «москит», итал. moschetto «мушкет»), латышск. muša «муха», др.-арм. մուն (mun) «мошка», прагерм. *mugjō, *muwō «мошка» (англ. midge, нем. Mücke, нидерл. mug, швед. mygga, исл. mý). С праслав. *muxa чередованием связано *mъšьkа «мошка».
Слово муха часто ставят в один ряд со словом мышь, подразумевая, что они также родственны. Однокоренные в славянских языках (от праслав. *myšь): укр. миш, болг. миш, сербохорв. ми̏ш, чешск. myš, польск. mysz. Все они восходят в пра-и.е. *mūs «мышь», от которого происходят также др.-греч. μῦς «мышь», лат. mūs «мышь» (исп. устар. mur, порт. mure, murganho), перс. موش (muš) «мышь», санскр. मूष् (mūṣ) «мышь», др.-арм. մուկն (mukn) «мышь», прагерм. *mūs (англ. mouse, нем. Maus, швед. mus, исл. mús). Интересно, что многие из этих слов также означают «мышца» (ср. лат. mūsculus «мышонок», уменьш. от mūs, а также др.-греч. μυών «мускулатура», μύσχον «половой орган»). Связь с со словом муха объясняют (например, у Черных), опираясь на санскр. मूषक (mūṣaka) «мышь; вор» и др.-инд. muṣṇā́ti, móṣati «ворует», то есть «вороватостью» этих животных.
В одном из своих комментариев в этимологическом словаре Фасмера Олег Николаевич Трубачёв указывал на родство слов муха, мышь и мох через единый семантический признак – значение «серый». Русское слово мох (от праслав. *mъxъ; укр. мох, болг. мъх, сербохорв. мах, чешск., польск. mech), лат. mūscus «мох», прагерм. *musą «мох» (англ. moss, нем. Moos, швед. mossa, исл. mosi) восходят к пра-и.е. *meu- «сырой, влажный; жидкость», откуда происходят также μυδάω «быть влажным», μυδαλέος «влажный, мок-рый», лат. muria «рассол». Если слова муха и мышь ещё как-то можно сравнить по названному признаку, то со словом мох всё сложнее.
Семантические параллели, которые существовали в глубокой древности и исчезли до наших дней, могут сохраняться в некоторых современных и древних зафиксированных языках и диалектах, из-за чего становятся заметными отдельные связи. Именно так и связывают слова муха и мышь с опорой на двузначность санскр. मूषक (mūṣaka) и значения др.-инд. muṣṇā́ti, móṣati. Среди когнатов слова мох нет слов со значением «серый» (у нем. bemoost «покрытый мхом; старый, седой» второе значение позднее), да и цвет мха чаще зелёный. Всё это не позволяет утверждать что-либо с полной уверенностью, это только предположения. Но именно из совокупности таких предположений со временем выявляют ту версию, которая ближе всего к истине.