Слово кость в русском языке имеет множество достоверных соответствий в других славянских языках: укр. кість, белор. косць, ст.-слав. кость, болг. кост, сербохорв. ко̑ст, словенск. kost, словацк. kosť, чешск. kost, польск. kość, в.-луж., н.-луж. kósć. Для данных слов хорошо реконструируется праслав. *kostь. Дальнейшая этимология слова весьма запутанная, существует немало версий происхождения, но ни одна из них не может считаться в полной мере доказанной.
Большинство лингвистов и этимологов ставят слово *kostь в один ряд с лат. os «кость», др.-греч. ὀστέον «кость» (совр. греч. οστό), санскр. अस्थि (ásthi) «кость», перс. است (ast), استخوان (ostoxân) «кость», а также др.-арм. ոսկր (oskr) «кость» (совр. ոսկոր, oskor), валл. asgwrn «кость», asen «ребро», др.-ирл. asna «ребро» (совр. easna), алб. asht «кость».
Основная проблема сводится к объяснению начального *k в праславянском слове, так как для пра-и.е. обычно реконструируют слово *h₃ésth₁(также *h₂óst(h₁), *h₂ést(h₁)) с начальным ларингалом (характер его не совсем ясен). Более вероятной для праславянского была бы тогда форма *ostь. Аналогично в латинском обнаруживается тёмное слово costa «ребро» (отсюда англ. coast «берег», фр. côte «ребро; берег», итал. costa «берег», costola «ребро», исп. costa «берег», costilla «ребро», порт. costa «берег», costela «ребро», рум. coastă «берег, ребро»), которое нередко вместе с праслав. *kostь возводят к некоему корню *kost-, связанному с *h₃ésth₁. А. Мейе объяснял *k как неясный префикс, однако такое объяснение вряд ли можно считать удовлетворительным.
Многие исследователи обращали внимание на сходство с корнем *kes- «чесать» (*česati, *kosa). А. С. Мельничук объяснял значение «кость» в слове *kostь как вторичное, первичным же считал значение «труп». Также были попытки объяснить *kostь как субстантивацию отглагольного прилагательного *kos-to- (с чередованием e/o в корне *kes-). Наконец, звучали мнения о том, что *kostь возникло из *ostь в результате сближения с *kes-, что практически невозможно доказать.
И. Ю. Миккола исходил из того, что в корне типа *osthr̥k- произошла метатеза *k в начальную позицию. И в это всё же сложно поверить. Гораздо более правдоподобно было бы то, что метатеза такого типа могла произойти в уменьшительной форме слова *ostьka, однако и такую перестановку сложно доказать.
Связь слова кость, с одной стороны, с лат. os «кость» или др.-греч. ὀστέον, с другой стороны – с лат. costa, давно не даёт этимологам покоя. Часто все объяснения происхождения слова кость построены именно таким образом, чтобы доказать эту связь, но всегда обнаруживаются сложности фонетического или семантического характера.